Att komma fram till vilken värderingsmodell man ska använda sig av kan vara det svåraste i avtalet. Populärt är ofta att ha en modell som antingen fokuserar på bolagets substansvärde (dvs faktiska tillgångar som till exempel kassa, maskiner, fastigheter) eller en modell som fokuserar på bolagets vinst (avkastning). Driver ni ett industriellt företag passar typiskt sett substansvärdesmetoden bättre medan driver ni ett konsultföretag passar typiskt sett avkastningsmetoden bättre. Det är även möjligt att göra en kombination av nämnda metoder vilket ni även kommer att hitta i mallen. Problemet med dessa metoder är att de många gånger inte stämmer överens med den värdering som aktieägarna själva skulle göra av bolaget. Värderingsmodeller är fyrkantiga och ger många gånger inte svar på vad marknaden faktiskt skulle vilja betala för aktierna i bolaget. En annan modell kan därför också vara vad delägarna varje år, förslagsvis efter bokslut, kommer överens om vad bolaget ska vara värt. En värdering byggd på vad de faktiskt själva skulle vara beredda på att betala för att förvärva fler aktier i bolaget. Fördelen med att tvinga delägarna att varje år komma överens om vad bolaget är värt är att om en försäljning av aktier skulle behöva ske så är man mer villiga att acceptera/gå med på ett pris som man själv har varit med om att bestämma. Ett pris från en mer fyrkantig värderingsmodell blir många gånger en fullständig överraskning för delägarna då man väl räknar ut den och den stämmer sällan med det värde som delägarna själva uppfattar att aktierna har. Lyckas inte delägarna komma överens om en värdering är det bra att skriva in i aktieägaravtalet att i andra hand ska en auktoriserad/godkänd revisor göra värderingen, se exempel i mallen för aktieägaravtal.